O Programa de Pós-graduação em Ciências de Florestas Tropicais do Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia nasceu em 1983, como uma modalidade de mestrado do PPG-Botânica do INPA. No final dos anos 80 se tornou independente como PPG-Manejo Florestal. Em 1995, foi transformado em PPG-Ciências de Florestas Tropicais. Em 2004, o doutorado foi aprovado e incorporado ao programa.
A premissa orientadora do PPG-CFT é o fato que a floresta é, legalmente (Código Florestal), um bem de interesse comum a todos os brasileiros e, de acordo com a Constituição de 1988, a Amazônia é um patrimônio nacional. Além disso, a idade média das árvores que estão sendo exploradas na região de Manaus é de 490 anos (de um artigo publicado na Nature em 1998).
O objetivo científico do PPG-CFT é entender como funciona a floresta amazônica, em condições naturais. Sabendo disso, menos difícil será o papel de avaliar os impactos dos diferentes usos da terra sobre as florestas.