O mestrado profissional é modalidade de formação em nível de pós-graduação strictu sensu, que possibilita a capacitação de pessoal para a prática profissional avançada, por meio da incorporação de métodos científicos inovadores e interdisciplinares, assegurando ao aluno todos os direitos inerentes ao titulo de mestre, reconhecido nacionalmente pelo MEC e credenciado pela CAPES. O MPGAP, em seu primeiro credenciamento, recebeu conceito 3, que e padrao para novos cursos.
Na Amazônia Legal brasileira, existem 310 unidades de conservação federal e estaduais e 430 terras indígenas, todas em diferentes estágios de implementação (dados de outubro de 2009).Juntas, elas correspondem a mais de 50% do território da Amazônia. O numero de áreas protegidas na região continua aumentando, e sua gestão é um desafio transnacional.
O mestrado profissional em Gestão de Áreas Protegidas da Amazônia, proposto pelo Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia - INPA e construído em parceria com a Escola Latino americana de Áreas Protegidas – ELAP da Universidade para a Cooperação Internacional da Costa Rica – UCI e com apoio da Agência de Cooperação Técnica Alemã - GTZ, visa atender uma demanda crescente e urgente de qualificação de mão de obra para realizar a tarefa de cuidar destes espaços protegidos na Amazônia.
Esta gestão deve necessariamente ser multidisciplinar, e exige a colaboração entre diferentes instituições, cobrindo aspectos da economia, legislação, administração, e desenvolvimento local, que complementem a experiência em biologia, planejamento, gestão financeira, engenharia florestal e de pesca, agronomia, e ecologia, e ajudar os gestores a realizar a articulação, facilitação e execução do processo de gestão.