A Portaria n^o 60, de 20 de março de 2019, do Ministério da Educação, dispõe sobre mestrados profissionais no país.

De acordo com o Art. 1^o desta portaria, cabe a Fundação Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES regular a oferta de programas de mestrado profissional mediante chamadas públicas e avaliar os cursos oferecidos.

A proposta do Mestrado Profissional Biodiversidade em Unidades de Conservação foi apresentada à CAPES em abril de 2010, sendo o curso recomendado em março de 2011. O curso está inserido na Área de Ecologia Aplicada e Área de Avaliação de Biodiversidade, da CAPES.