Reconhecido pelo MEC/CAPES, o Programa de Pós-graduação (PPG) da Escola Nacional de Botânica Tropical (ENBT) – Doutorado - tem como objetivo principal formar pessoal para compor quadros em órgãos públicos e privados, voltados para o ensino, pesquisa e políticas públicas, com vistas ao conhecimento e conservação da diversidade vegetal. Alcançar tal objetivo exige atuação em diferentes áreas de conhecimento e abordagens integradoras e inovadoras aliadas à capacidade de propor metodologias e implementar processos efetivos para a conservação da biodiversidade brasileira.

Anualmente, em meados do segundo semestre, é lançado o edital para ingresso de novos alunos. Historicamente são disponibilizadas 10 vagas e, em sua maioria, com disponibilidade de bolsas.

Atualmente é considerado pela CAPES como curso nota 5.