A proposta do Programa de Pós-Graduação Acadêmico em Botânica (PPG-Bot), com cursos de mestrado e doutorado, foi aprovada pela CAPES em 2002. Naquela ocasião foi também criada a Escola Nacional de Botânica Tropical – ENBT para abrigar o PPG-Bot e as atividades extensionistas do Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro. A ENBT foi criada com a missão de transformar pessoas em seus princípios, valores, capacidades e competências com foco no Conhecimento e Conservação da Biodiversidade, enquanto a missão do PPG-Bot é formar profissionais aptos a atuar em pesquisa e ensino, em diálogo com a sociedade, bem como nortear e aconselhar tomadores de decisão sobre a conservação de plantas, elaboração de planos de manejo e proposição de áreas a serem preservadas, dentre outros.
Os discentes devem concluir o curso de mestrado e doutorado em 24 e 48 meses, respectivamente. Entretanto, caso haja impedimentos que justifiquem a prorrogação desses prazos, a conclusão deverá ser de até no máximo 30 meses para o mestrado e 60 meses para o doutorado (em 2020 e 2021 seguimos as recomendações de prorrogação da CAPES mediante a pandemia). Os currículos dos cursos de mestrado e doutorado estão alinhados com as tendências atuais na formação de profissionais altamente qualificados na área de Botânica, conservação e meio ambiente apresentam duas áreas de concentração: 1) Diversidade Vegetal em Ecossistemas Tropicais, com duas linhas de pesquisa: Biologia e Sistemática de Criptógamas e Sistemática e filogenia de angiospermas e 2) Ecologia em Ecossistemas Neotropicais, também com duas linhas de pesquisa: Estrutura, Dinâmica e Funcionamento de Ecossistemas Marinhos e Estrutura, Dinâmica e Restauração em Ecossistemas Terrestres. O PPG-Bot coordena o principal projeto de diversidade de algas, fungos e plantas no Brasil que é o Projeto Flora do Brasil que trata de uma flora completa para estes organismos do Brasil. Dentro da área de Ecologia de Ecossistemas Neotropicais na área marinha o JBRJ faz parte da coordenação do importante projeto denominado Rede Abrolhos. Para ambientes terrestres merecem destaque o Projeto Ecofisiologia, Anatomia Ecológica e Biologia Reprodutiva, onde destacam-se inúmeros estudos de anatomia da maderia, de biologia reprodutiva e de ecofisiologia de sementes.
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